1579-ben született Peru fővárosában, Limában, egy előkelő spanyol nemes és egy fekete rabszolganő törvénytelen gyermekeként. Mint mulatt, a legalacsonyabb társadalmi osztályba tartozott. Édesanyja nagy szeretetben és nagy szegénységben egyedül nevelte Mártont és nővérét. Apjuk egy időre magához vette két gyermekét, ezek a jólét és tanulás évei voltak számukra, de később, amikor Panama kormányzója lett, újra visszavitte őket anyjukhoz. Ez után, még kisfiúként egy borbély mellé került inasnak, s mivel akkoriban a borbélyok sebészi feladatokat is elláttak, Márton elsajátította az orvoslás tudományát. Éjszakánként sokat vezekelt és imádkozott, és az imádság iránti szeretetet vele együtt növekedett. Reggelente szentmisén vett részt, majd késő estig fáradhatatlanul szolgálta a betegeket. Az emberek egyszer csak arról kezdtek beszélni, hogy csodás gyógyításokat is művel. Egyre többen keresték fel bajaikkal, így egyre kevesebb ideje maradt az imára. Szeretett volna visszavonulni a nagy népszerűségből, ezért édesanyja engedélyével 15 évesen kérte felvételét a domonkos rendbe Limában, de csak, mint szolgát alkalmazták alamizsnaosztásra, mert a faji megkülönböztetésen alapuló rendelkezések szerint nem hogy pap, de segítő testvér sem lehetett. 9 éven keresztül élt szolgálva a kolostorban, mígnem kitartó és imádságos élete végül meggyőzte az elöljárókat, és harmadrendi laikus testvérként fogadalmat tehetett a Rendben. A kolostorban is a betegeket ápolta és gyógyította olyan odaadással és szeretettel, hogy ezzel kivívta az egész konvent tiszteletét és csodálatát. Már életében szentnek tartották. A kolostorban rendtársaival együtt szegénykonyhát hozott létre, és azon kívül is rengeteg karitatív szolgálatot végzett. Ismeretségei révén kórházat, árvaházat alapított. A legszegényebbek éppúgy jártak hozzá segítségért, tanácsért, mint az előkelők. Maga a perui alkirály is gyakran felkereste, és e barátság lehetővé tette Márton számára, hogy még több nyomorulton tudjon segíteni. Sok-sok csodát tulajdonítottak neki, de a legnagyobb csoda alázatossága volt, amellyel szüntelen imádságban és határtalanul szolgáló szeretetben élt.
